《孔子世家谱》是世界上连续传承时间最悠久，记录最完整，资料最详谨，内容最广泛的家族谱牒，其最早见于司马迁的《史记·孔子世家》，其中记录了自孔子曾祖父孔防叔至西汉司马迁同时期的孔子子孙十几代的传承关系，正式的孔子世家谱是宋代的元丰谱。
二十世纪九十年代之前，孔氏族谱（孔子世家谱）虽重修、续修多次，至今能够见到的仅有明成化天启、清康熙、乾隆及民国年间的谱牒5部。其中明天启谱仅存残本。
天启二年（1622年）纂修，共8卷，刊印98部，主要纂修人为孔弘颙。此次修谱规定“义子不能入谱”。开印时，宗主、县主亲自到场，督印14页，每页印98张，即毁掉印板，以防私印。装订后，捧到孔庙诗礼堂加盖公府、本县印信和家庭、林庙关防印后，择日分发。其后，遇有事故，户头、户举各带谱牒至庙，以备查验。如无印信或印文不对，即系私谱，以律究治。该谱卷首载有衍圣公孔衍植、世职知县孔闻简两篇序文和《孔氏宗传总论》、《阙里孔氏谱系引》、《伪孔考》和凡例等内容。卷一为一代至四十二代。一代孔子名下有姓源、年谱等项；二代以下多有小传。卷二从四十三代孔仁玉到五十五代孔克坚。卷三至卷八为57户的繁衍情况。
康熙二十一年（1682年）八月开纂，至次年十二月完成，康熙二十三年（1684年）二月告庙颁谱，共刊印100部。参加纂修者共7人，设鉴定、监修、督刊、编次、校阅等职，以衍圣公孔毓圻为鉴定，孔尚任为编次。在开局修谱前后，衍圣公及家庭族长先后向族人4次榜示，提出修谱要“严核假冒，表彰懿行，斥除匪类，务秉至公”，并规定凡不孝、不悌、干名、犯义、僧道、邪巫、优卒、贱役和不按规定行辈表字命名的，均不准入谱。这次修谱按《史记·孔子世家》定名为《孔子世家谱》，在内容安排及分户上也作了一些调整。该谱共24卷。卷首有衍圣公孔毓圻、世职知县孔兴的序文和凡例等。卷一为姓源，卷二为年表，卷三为世系，卷四为中兴，卷五至卷二十四分别记载了20派60户的繁衍状况。卷末附有《流寓记》和《跋》。《流寓记》概括记述了外徙10个支派，包括浙江衢州西安县孔传子孙，河南开封仪封县孔惟时子孙，镇江府丹阳县孔绚子孙等，其后裔人名未作详载。
乾隆九年（1744年）修。参与修谱者共24人，设总裁、提调、监修、编次、校阅、收掌、誊录、督刊、收发、供应等职，衍圣公孔昭焕任总裁，孔传斌、孔继儒、孔继汾、孔毓佶为编次。开馆之前，衍圣公孔昭焕榜示修谱条例及凡例，提出“严核假冒，详查遗漏，表彰懿行，斥除匪类，务秉至公”的要求。开馆时，衍圣公率领族人昭告祖庙，宣读祝文、誓词。告知凡义子、赘婿、随母改嫁的养子、僧道、干犯名义和下贱者均不能入谱。对懿行显官、道德硕儒以及孝子、悌弟、义士、仁人、高隐、名流、词林、艺苑，均上报其生平事迹，载入谱牒。要求修谱人员“毋便己私，毋徇情面，毋存疑致滥，毋挟怨生嫌”。为防假冒，对入谱族人要求各户头、户举出具甘结作保，还发动族人知情者检举。全谱共24卷，刊印120部，告庙颁发。该谱因纂修时未予避讳，触犯甚多，于乾隆四十七年（1782年）又作了改刊。将原本旧序和跋大部分抽掉，删去姓源和年表两卷，孔子事迹及名人传略也作了核实精简。改刊本减至22卷，刊印265部。
1930年10月开馆纂修，至1937年11月告成。全谱325部，支谱1813部，铅印。修谱人员由66人组成，设总裁、提调、监修、编次、校阅、收掌、文牍、书记、收发、庶务、会计、交际、督刊等职，大成至圣先师奉祀官孔德成任总裁，孔广彬、孔广梅等13人为编次。修谱程序和禁止入谱人员与前谱大致相同。该谱设卷首，下分4集108卷。卷首除孔德成、家庭族长孔传堉的序文外，还收入旧谱中的序文10篇，另有凡例、姓源、宗派总论、圣祖至四十二代图、中兴祖至20派图、20派至60户图、嫡系考、嫡系图、南宗图、伪孔辨、内院真孔图与外院伪孔图等。
由时任中国孔子基金会名誉会长的谷牧先生提议，1996年10月2日，孔令煜之子孔德墉前往台湾，拜会了族兄、七十七代大成至圣先师奉祀官孔德成，就续修家谱一事征得了他的同意。1997年10月20日，孔德墉来到曲阜召集22名近支德字辈兄弟商议修谱事宜。1998年3月，孔子世家谱续修工作协会在香港成立，孔德墉任会长，孔德篪、孔德坊任副会长，孔德宏、孔德威则分别担任办公室主任与编辑部主任，负责具体工作。1998年6月，协会发表告族人书，正式开展了《孔子世家谱》的第五次修订调查登记工作。补遗卷在2008年12月31日停止收集孔子后裔资料，历时10年的《孔子世家谱》第五次大修后裔资料收集工作全面完成。 2009年9月24日，孔子诞辰2560年之际，《孔子世家谱》续修颁谱典礼在曲阜孔庙大成殿隆重举行。
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2009年版《孔子世家谱》目录 |
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卷首（1册） 第1册 前言、序、孔子世家历朝历代序文、本次序修发起人、本次序修告全体族人书、孔子世家谱序修工作协会、编纂委员会、本次续修各地分支机构、本次序修各地族人代表、本次序修收支一览、有关入谱费及捐资收入的说明 凡例、圣祖至四十二代世系图、中兴祖至分二十派世系图、二十派分六十户世系图、衍圣公承袭图 宗派总论、袭爵考、伪孔辨 初集（1～32册）：六十户 第1册后有“始祖至中兴祖卷一”、“中兴祖至分户卷二”。 第2册：大宗户长支 第3册：大宗户二支、三支 第4册：临沂户、孟村户 第5册：道沟户 第6册：滕阳户长支 第7册：滕阳户二支、三支 第8册：旧县户 第9册：终吉户 第10册：蔡庄户、戴庄户、栗园户 第11册：时庄户、泗北户 第12册：店北户、西郭户 第13册：仙源户、泉南户、齐王户、盛果户 第14册：苗孔户、文献户、沂北户 第15册：黉门户、石村户、鲁贤户、沂阳户、孔村户、王堂户、小庄户、宫端户 第16册：华店户 第17册：古城户、岗山户 第18册：鲁城户，东明支、沂水支 第19册：莒县支、日照支 第20册：孔屯户、西城户、旧城户 第21册：吕官户，吉林阿城支、辽宁新宾支、贵州开阳支、四川云贵支（长支、二支） 第22册：四川云贵支三支、四支 第23册：四川云贵支五支 第24册：云南宣威支、四川大竹支 第25册：林前户、防西户、林门户 第26册：官庄户、大薛户 第27册：广文户 第28册：小薛户、陶乐户、北公户 第29册：纸坊户、董庄户、防上户、高庄户、南宫户 第30册：星村户、古柳户、吴孙户、东村户、磨庄户 第31册：张曲户、息鄹户 第32册：西林户、林西户 二集（33～52册）：中兴祖后外迁支派 第33册：南宗派、江西鹰潭支 第34册：江西新建支、四川阆中支、浙江温岭支、浙江钱塘支 第35册：清平孔庄支、广东南海大沥支、河南太康支 第36册：江苏吴县与范县支、河南新乡花园村支、河南新乡八里营支、广东番禺支、定陶支 第37册：广西灌阳支、成武孔楼支、江苏豊县支、成武孔庄支、寿光支 第38册：牟平派 第39册：浙江慈谿派、福建闽县支、安徽徽州支、安徽舒城支 第40册：浙江衢州派长支 第41册：广东揭阳支、安徽太湖支、江苏句容支 第42册：江西临川支 第43册：浙江衢州派二支、三支、四支 第44册：湖北通山支、湖北浠水支、江苏镇江莱村支 第45册：浙江衢州派五支 第46册：安徽淮南支、安徽长豊支、河北雄县支、安徽合肥支 第47册：寿光潍县支、肥城孔庄支、冠县支、河北枣强与恩县支 第48册：郓城支、四川大邑支、四川邛城支、河北晋县支、河南考城支 第49册：江苏武进支、长清支、德平南孔家庄支、河南濬县支、德平西孔家庄支 第50册：江苏镇江支、河南武安支、桓台孔家庄支、湖北新洲支、河南光山支 第51册：山西阳城济源支、浙江宁海支、安徽桐城支 第52册：浙江婺州支、夏津支、浙江诸暨支、河北南宫冀县支 三集（53～76册）：中兴祖前外迁支派 第53册：浙江平阳派长支、二支、江苏高淳支 第54册：公诚支 第55册：克明支、孔阳村支、思昱后人 第56册：湖北阳新支、河南邓县支，浙江平阳派三支 第57册：安徽庐江支、江阴梧塍里支 第58册：河南郏县派 第59册：河南宁陵派 第60册：河北沙河支、济宁庄河支、吉林双阳支、河北赵县支、山西乐平支 第61册：河南宁陵派二支 第62册：河北献县派 第63册：公伸支三支、四支、五支、六支，公智支、公明公平支、肃宁支 第64册：江苏丹阳派 第65册：岭南派 第66册：番禺小龙支、番禺诜敦支 第67册：广州暹冈支 第68册：怀集支 第69册：封开支 第70册：惠州支、河南郑州支 第71册：广东南雄派 第72册：江西临夏派 第73册：浙江温岭支、分宜支、湖北阳新支、修水支 第74册：湖南平江浏阳派 第75册：河南鲁山派 第76册：河南河洛派 四集（77～78册）：待考支 第77册：山东支、河北北京天津支、山西支、内蒙古支、辽宁支、吉林支、黑龙江支、江苏上海支、浙江支、福建支、江西支、河南支、湖北支、湖南支、广东支、广西支、四川重庆支、贵州支、四川重庆支、贵州支、云南支 第78册：安徽支、陕西支、甘肃支、青海支、宁夏支、新疆支、台港澳支 五集（79～80册）：海外支派 即韩国高丽派。 第79册：渔村户 第80册：孤山户 后记 |
2005年被吉尼斯世界纪录列为“世界最长家谱”。
